“你，来当我的助手吧”容易被卷入麻烦的少年·君塚君彦，在飞行于一万米高空的客机中，成为了与“世界的敌人”作战的“名侦探”少女·希耶丝塔的助手。在那之后，两人在长达三年的时间里飞遍世界各地，展开了令人目眩的神奇冒险，然后在激斗的最后——经历了生离死别。希耶丝塔死后过了一年。在独自活下来的君塚身边，出现了一位自称是委托人的少女·夏凪渚。接受了她的委托而再次成为助手的君塚，终于触及了“名侦探”死亡的真相——。然而，接触到真相后，君塚等人逐渐知晓了。完美无缺的名侦探所犯下的失误。以及继承“名侦探”遗志的真正含义。侦探已经，死了。死亡的真相也已揭晓。但是，距离尾声还为时尚早。