新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，　　人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。　　具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，　　与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！　　究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。　　变身！SHINKALION！